Eine Anpassung der Impfstoffe geht auch bei den gentechnisch hergestellten Impfstoffen nicht ganz so rasch, wie ursprünglich suggeriert. Laut Aussagen der Firma BioNTech dauert es bei Anpassung an eine neue Variante ca. 100 Tage bis zur Auslieferung der ersten Charge. Bis der Impfstoff wirklich in ausreichender Menge zur Verfügung steht, dauert es noch länger. Da niemand vorhersagen kann, in welche Richtung sich ein Virus entwickelt, hinkt man mit der Anpassung immer einige Monate hinterher.
Dazu kommt noch ein weiteres mögliches Problem: Eine Studie an Affen verglich kürzlich den Effekt einer Booster-Impfung mit dem derzeit verfügbaren Moderna-Impfstoff und mit einer an Omikron adaptierten Version des Impfstoffes und fand keinen relevanten Unterschied. Eine mögliche Ursache dafür könnte in der sogenannten „Antigen-Erbsünde“ (oder Antigen-Prägung) liegen. Darunter versteht man die Tendenz unseres Immunsystems, nach einer Infektion mit einem Virus bei neuerlichem Kontakt mit einer ähnlichen Virusvariante wieder Antikörper (und T-Zellen) gegen die Strukturen des ersten (prägenden) Virus auszubilden (über sogenannte Gedächtniszellen). Dadurch wird die Neubildung von „besser passenden“ Antikörpern unterdrückt. Bei wiederholten Impfungen mit leicht veränderten Impfstoffen kann dadurch deren Wirksamkeit gegen neue Varianten deutlich reduziert sein. Dieses Phänomen tritt z.B. bei Influenza- oder Dengueviren auf, wird aber auch bei SARS-CoV-2 diskutiert. Bei einer natürlichen Infektion ist dieser Effekt nicht so stark ausgeprägt wie bei einer Impfung mit einem Impfstoff, der nur auf einem Teil des Virus basiert. Das liegt daran, dass der Körper bei einer natürlichen Infektion Kontakt mit dem gesamten Virus hatte und dadurch Antikörper gegen verschiedene Anteile des Virus ausbilden konnte. So ist die Wahrscheinlichkeit höher, dass unser Immunsystem noch Bestandteile des Virus gut erkennen und abwehren kann.